#contentsx
*[[Rosetta@home:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/]] [#yd860f37]
**Rosetta@homeとは [#u1fd3e94]
[[こちらのサイトより引用:http://wiki.livedoor.jp/refler/d/Rosetta%a1%f7home%a4%cb%a4%c4%a4%a4%a4%c6]]
#ref(gfcrosetta.png,around,50%);
>Rosetta@homeは、世界中のインターネットに接続したコンピュータを使うBOINCによる科学研究プロジェクトです。
蛋白質立体構造ならびに蛋白質-蛋白質間と蛋白質-リガンド相互作用を予測し設計することを目的とします。
私たちの最終的なゴールは、正確に蛋白質立体構造とその複合体を予測し設計する手法を確立し、
HIV/エイズ、ガン、マラリア、アルツハイマーなどのような人間の難病に対する治療法に一役買うことであります。 

>■将来の計画
私たちの手法は、CASPとCAPRI実験でテストされており、私たちの公的に利用可能な蛋白質構造予測サーバ(Robetta)で実装されます。
そして、それが無料で世界中から何百人もの権威ある数々の科学者によって現在使用されており、
最近のCASP実験では自動構造予測サーバのうち最高の1台であることが証明されました。
数多くのRosetta@home参加ボランティアが今後も増えるならば、私たちもRobettaサーバによる構造予測の長い待ち期間を減らし、
そして現在まだ提供することができていない数多くの研究にその門戸をさらに増やしていくことを可能にする計算資源を提供するため、
今後もこのRosetta@homeを運用してゆく予定であります。
*Rosetta@homeに参加する [#m09d946d]
[[Rosetta@homeに参加するにはこれらの条件を満たしているPCである必要があります。:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_requirements.php]]
メモリが足りていない(256MB以下)とエラーになるので注意。
**1.BOINCクライアントを入手。 [#m1931a14]
BOINCクライアントをまだ入手してないなら[[ここ:http://boinc.berkeley.edu/download.php]]からダウンロードしてインストールします。
--[[インストールの画像付きの説明:http://boinc.oocp.org/guidej/install_guide.php#install]]
--[[純正BOINCインストールガイド]]
''既にWCG等に参加してBOINCをインストールしている場合は必要ありません。''
**2.セットアップ [#q4d42c8d]
BOINCクライアントの「Add Project」((Advanced Viewなら「ツール」→「Attach to project」))からプロジェクト追加画面へ。初回起動なら自動的に追加画面が開きます。
URLは「http://boinc.bakerlab.org/rosetta/」。メアドとパスを要求されるので入れる。パスはメモしておく。
--メールアドレスは他のプロジェクトと共通の物を使用します。
#ref(add_rosetta.png,nolink);
#ref(TANPAKU/Boinc_setup_addproject_1.png,nolink);
**3.サイトでアカウント情報を設定 [#rbbc287e]
入力が終わるとブラウザが開き名前と国・郵便番号を入れるページに行くので入力する。名前は「名前@[[板名>板名一覧]]」で。
デフォでユーザー名になってるので変える。
#ref(add_rose1.png,,70%);
***Team 2chに参加する [#g46b8a4f]
名前を入れるとアカウント情報のページに行く。その状態で[[このTeam 2chのページ:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=454]]へ行きJoin This Teamの所のJoinを押す。
**4.Preferencesを設定 [#x3cdbcec]
[[言語設定のページ:http://ralph.bakerlab.org/rosetta_site_dev/language_select.php]]で「Japanese」を選択すると表示を日本語に出来ます。(([[Protein structural analysis room Japan:http://jbbs.livedoor.jp/bbs/read.cgi/study/6617/1179916990/]]翻訳))


[[各種設定はここ:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/home.php]]。
CPU使用率は[[クライアント側で指定する>BOINC_Manager#xf29d619]]か[[ここのEdit preferencesで設定す:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=global]]。

''デフォでDo work while computer is in use?がnoになってる(PC使用時に解析しない)ので[[ここのEdit preferences:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=global]]でYesにする。''noのままだとアイドル時にしか解析しない。
Managerのアクティビティで常時稼動にしてあるなら関係ない。

&attachref(rosetta_pre_work.png,,75%);

-''[[設定ページの解説>TANPAKU/Preferences]]'' (TANPAKUと同じ)

成績や宿題の提出状況等は[[Your account:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/home.php]]のWork doneの項で確認できます。[[Your accountの説明>TANPAKU/Preferences#h54b4353]]。
Team 2ch内のランキングは[[公式:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=454]]で。
RIGHT:[[詳しいBOINC Managerの説明はこちら。>BOINC_Manager#w749d629]]

-[[サーバー状態:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_status.php]]
--Database statusが宿題の状況。Ready to sendが配布の用意できてる宿題数。In progressが配布して進行中の宿題数。

***WUの固さを設定する [#z919a220]
設定していないと3時間のものになる。設定しなくても問題ない。
設定していないと6時間のものになる。設定しなくても問題ない。
+Rosetta@homeのYour Accountページへ行く
+まんなか近くにある Rosetta@home preferences control resource share and customize graphics を開く
+Edit Rosetta@home preferences を開く
+Target CPU run time を適当に選択して[Update preferences]ボタンを押す

NOTE:設定時間に応じた固さのWUが送られてくるようになる。対象たんぱく質の見かけが大きいものの方が解析に時間がかかる。1WUには最低1たんぱく質の情報が入っており、この個数・固さ(=たんぱく質の大きさ)が調整されてPCに届くようになっている。それは解析に時間のかかる大きなたんぱく質が1つWUに入っている場合もあるし、小さなたんぱく質が数個WUに入っている可能性もあるということである。現在何個目を処理中であるかは、グラフィック表示の"Model"の数で確認することができる。
NOTE:設定時間に応じた固さのWUが送られてくるようになる。対象たんぱく質の見かけが大きいものの方が解析に時間がかかる。1WUには1たんぱく質の情報が入っており、この固さ(=たんぱく質の大きさ・折りたたみ試行回数)が調整されてPCに届くようになっている。それは折りたたみの一段落につき解析に時間のかかる大きなたんぱく質を10000数回折りたたむ場合もあるし、小さなたんぱく質を数十万回折りたたむ可能性もあるということである。現在の折りたたみの段落は、グラフィック表示の"Model"の数で確認することができる。

トップ   編集 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS