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【BOINC/旧UD】がん解析プロジェクト@otoge 7th Stage

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■■■ UDは終了しました。終了の詳細と移行先は>>2-10の辺り■■■

分散計算処理プロジェクトは、分析計算を世界中のPCで分担して行い
    医療など科学の発展に貢献しようというボランティアです。

つまり 『難病患者を救えたり、未来の科学技術につながる』 って事です

    ┏━━┓┏━┓┏━┓┏━━┓ ┏━┓      ┏┓
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      ┗┛  ┗━┛┗┻┛┗┻┻┛ ┗━┛┗━┛┗┻┛
           Grid Computing Project Team 2ch
   - あなたのCPUの空き時間を科学の発展に貸してください -

               Team 2ch 支援サイト
           〜まだ見ぬ誰かの笑顔のために〜
               http://team2ch.info/
              _____.    |             ∧_∧
    ∧,,∧    ||\   \ | ̄ |  point  ∧_∧  ( ゚ д ゚ )
    ミ,゚Д゚ 彡  .||  l ̄ ̄ l |:/\ ゲット ( ゚ д ゚ ) /   ⌒i
  ┌‐ミ つつ/ ̄||/. ̄ ̄//   \   /   \/    | |
   |└ヾ,, ,,|二二二」二二ニ. ∧_∧    \ /    / ̄ ̄ ̄ ̄/ |
    ̄||∪∪   | ||    /( ゚ д ゚ )// ̄ ̄/_ニつ/  FMV  / .| .|_
  ―――――――― <  ( つ _// 2ch,/  > ――――――――
   (; ゚ д ゚ )_____\ {二二} 三 三} /_ ____
  / つ _//        / \ ̄ ̄ ̄ ̄"/..=| /  / || ∧∧
  し'`|\// _Hikkie_/.   \     / |. ̄ |l ̄ ̄ l    ||( ゚Д゚ )
    \}..二二二二二_}     \/  | =| \ ̄ \ ||¬ ⊂ ヽ/
   2ちゃんねる www.2ch.net   | [二二二二二二二|二二二」  )

◇ 前スレッド    http://
◇ ガイドライン板  http://ex20.2ch.net/test/read.cgi/gline/1170141841/

2 Edit

■ UDの終了と移行について
Q:UDって終わったの?
A:UDは2007年4月27日に終了となりました。キャッシュを処理してももう意味がありません。
  成果や終了に関する情報の翻訳は http://ud-team2ch.net/
  新薬の研究・試験・製造には様々なプロセスが必要なため、
  非常に長い年月がかかります。詳しくは下記
  http://www.nhk.or.jp/kokokoza/rikasougou/a19/main_5.html

Q:ってことは分散プロジェクトは終了?Team 2chは解散? 
A:現在ではほとんどの方がBOINCでWCGと言うプロジェクトに移行し始めています。Team 2chも存在してます。 

Q:BOINCって?WCGって? 
A:BOINCは現在参加人数世界最大の分散クライアント。 
  特徴としてはUDと違い複数のプロジェクトに参加可能。WCGはその内の医療系プロジェクトです。 

Q:WCGってUDと同じようなクライアントで参加出来るんでしょ?なんでBOINCで参加するの? 
A:WCGのクライアントはUD社製のため、将来性はあまり明るくありません。(特にVista対応やマルチコア対応など) 
 その点BOINCは高性能です。またどんなプロジェクトに参加してもポイントは共通です。 
 つまり、UDのようにある日突然無くなってしまう、という可能性が低いです。 

Q:どうやってBOINCでWCGに参加するの? 
A:画像と日本語で丁寧に説明してるコチラを参照してください
  Team 2ch Wiki
  http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/ 
  世界史板チームサイト
  http://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/boinctop.html

3 Edit

■ BOINCのFAQ
Q:音ゲ板チームに参加したいんだけど・・・ 
A:音ゲ板に参加するには、UDと同じく 「名前@otoge」 でOKです。 例:abcde@otoge

Q:CPUの使用率が100%にならず不安定なんですが 
A:シンプルビュー画面でPreferencesをクリック→Use no more than〜を100%に→SAVEをクリック! 

Q:CPUの使用率を100%から下げたら不安定になるんですが・・ 
A:BOINCでCPU使用率を90%以下に設定すると、使用率が数%〜数十%まで大きく変動して
不安定になるので、BOINC側は100%に設定して、 
Battle Encoder Shirase ttp://mion.faireal.net/BES/ 
を使って使用率を絞ったほうが安定するよ 

Q:宿題が完了してるのに送信してくれない?報告待機ってなんだヽ(`Д´)ノ 
A:宿題の送信は完了したらすぐに行ってます。送信していないように見える「報告待機」の状態は
完了した宿題に関する成績の情報を送信するのを待っている状態。自動的に報告されるので放置でOKです。

Q:いつまでたっても自分のポイントがWCGのサイトで表示されないのですが・・・ 
A:サイトが更新されるまで最低24時間かかります。宿題の検証でさらに時間がかかることがあります。マターリ待ちましょう

Q:メモリ使いすぎ!
A:WCGならWCGのHPのマイグリッド→デバイスマネージャー→装置プロファイルの
次のスペース以内を使用: % (全メモリーに対する比率) を調節すると、メモリをそれ以上使う宿題が来なくなる。
つまり減らしすぎると宿題が全く来なくなるので、様子を見つつ調整する。
あとはメモリをあまり使わないプロジェクトのみ参加するとか。

Q:英語読めないんだけど・・ 
A:BOINCは最初のインストールが英語なだけでセットアップや日常での表示は日本語です 
以下のページで日本語と画像で解説されてます 
http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/ 
http://www.geocities.jp/asamayamanobore/BOINC/dounyuu/boincdounyuu2.html

4 Edit

Q:Win98では日本語表示されないんだけど 
A:ttp://boinc.baldanders.info/ 
> Windows 98 または Me 上で BOINC Manager をお使いのかたでうまく日本語が表示されない場合は, 
> BOINC Manager.mo の代わりに BOINC Manager.win98.mo を使ってみてください 
> (locale\ja フォルダにコピーする場合は BOINC Manager.mo に名前を変更してください)。 
> 症状が改善する場合があります。 
また 
もともとlocale\ja フォルダにあったBOINC Manager.moを削除して 
BOINC Manager.win98.moを突っ込んでBOINC Manager.moに名前を変えたら 
きちんと表示された事例があります 

Q:MacやLinuxでは参加できないんでしょ? 
A:BOINCやWCGはMacやLinuxでも参戦できます 

Q:BAMって何? 
A:BAM!はそもそも、BOINCクライアントの管理や参加プロジェクト管理を楽にするための支援サイト。 
 BOINCプロジェクトに参加するのに必須ではないです。

5 Edit

■ 分散コンピューティングプロジェクト一覧
                ┏━━Help Cure Muscular Dystrophy(筋ジストロフィー治療支援)
                ┃  ┏FightAIDS@Home(HIVの新薬開発)
  WCG Agent━━┻━╋Human Proteome(たんぱく質構造の予測)
                    ┣休止中:Help Defeat Cancer(がん組織の分析)
       .┏WCG━━━┻Genome Comparison(ゲノム比較)
  BOINC╋Rosetta@home(たんぱく質構造の予測)
       .┣SIMAP(たんぱく質の類似性データベースの構築)
       .┣TANPAKU(たんぱく質構造の予測)
       .┣proteins@home(たんぱく質構造の予測)
       .┣RALPH@home(Rosetta@home次期バージョンのαテスト)等など
       .┗非医療系━┳QMC@home(モンテカルロ法を用いて量子化学方程式を解く)
                ┗SETI@Home(地球外の知的生命を検出)
  Folding@Home━Folding@Home(たんぱく質構造の予測・アルツハイマー解析)
  cellcomputingβirth━CHRONOS(ヒトゲノム染色体間法則性解明)など

  各プロジェクトについてはこちら ( 移行先まとめ http://lists.team2ch.info/ ) 

■ 各プロジェクト参加の目安 
各プロジェクトごとに推奨マシンスペックが違います。PCや解析ソフトの起動時間が短いと
不利なプロジェクトもあるので、参加する際は以下の表を参考にしてください。
CPU性能・メモリ使用量・解析時間が多く必要とされるプロジェクトほど上に、
UDと同じ感覚でできるものや短い時間で終わるプロジェクトは下に配置しています。
 高性能...| ・Climateprediction.net project 
 PC向け | ・BBC Climate Change Experiment 
.       | ・FightAIDS@Home(WCG) 
.       | ・Human Proteome Folding - Phase 2(WCG)
.       |  
.       | ・TANPAKU
.       | ・SETI@home 
 低性能...| ・Rosetta@home 
 PC向け | ・Genome Comparison Overview(WCG)

6 Edit

■ WCG提出結果について
WCG結果状況 https://secure.worldcommunitygrid.org/ms/viewBoincResults.do
宿題の提出状況を確認できる。導入したら確認してちゃんと提出できてるか確認。
妥当性検査処理中は他の人が同じ宿題を提出し、規定数揃うまで続くので数日かかる。
規定数は結果状況ページの宿題名をクリックで出るページのMinimum Quorum。

進行中→妥当性 (宿題を提出したが他の人が同じ宿題を出すまで答え合わせ待ち)
      検査処理中.┬→有効 (宿題の結果が正常。通常この場合のみ成績になる)
             ├→エラー (クライアント側でエラーが発生。または宿題を捨てた。
             │      宿題の不具合で全員エラーなら成績になるようだ。)
             ├→遅すぎる (提出期限に間に合わなかった)
             ├→無応答 (提出したが答え合わせが期限に間に合わなかった)
             ├→不確定┬→有効 (答え合わせの結果が違ってたので確認中
             │     ...│     確認できたら有効。駄目なら無効)
             ├→無効←┘ (宿題の結果が他の人と違ってた)
             └→その他 (何れにも当てはまらない状態)
詳しくはWikiを参照 http://team2ch.info/WorldCommunityGrid/MyGrid/#t4392865

■ WCGメンテ時間について
毎日 09:06 から1時間程度.    統計更新 (チーム統計の更新も含む)
毎日 10:00 から30分程度     BOINCの宿題採点停止
毎日 21:06 から35〜45分程度  統計更新 (全体と個人統計だけ)
毎日 22:00 から30分程度     BOINCの宿題採点停止
日曜 17:00 から1時間程度.    UDとWebサイトのデータベースのバックアップ
日曜 18:00 から3時間程度.    BOINCのメンテナンス
つながらない時はマターリと待っていてください。

7 Edit

■ cell computing βirth
現在、CHRONOSに加えて、スギ花粉飛散経路探索プロジェクト(SPRING)を実施中。
今回のプロジェクトによって得られた結果を解析することにより、より詳細にシミュレーション上での
花粉の挙動が明らかになり、観測データと比較・検討することにより、より高精細な飛散予報を
行うことが可能になると期待しています。

インターネットに繋がるパソコンがあれば、誰でも簡単に参加できます。
もし、興味を持たれましたら、参加方法やプロジェクトの詳細等、下のサイトをご覧下さい。

http://www.cellcomputing.net/simple/index.php

■ Climateprediction.net
Climateprediction.netとはインターネットに繋がっているコンピュータで、
長期的気候予測技術の改善・地球温暖化気温変動調査を行う科学実験です。
無料のプログラムをダウンロードして、データを分析することであなたも参加できます。
WindowsでもMacでもOS/2でもPC-UNIX等でも参加できます。
climateprediction.netとは何か、もう少し詳しく知りたい場合は
ここ↓をみてみるとか。
本家
http://climateprediction.net/

■ Folding@Home
http://folding.stanford.edu/
 目標:タンパク質の折り畳み、凝集およびそれらに関連する病気について理解すること

 タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(折り畳み)をシミュレートし解明するプロジェクトです。
 アルツハイマー病、嚢胞性線維症、BSE(狂牛病)、遺伝型肺気腫などの病気や多くのガンさえもが
 タンパク質が正常に折り畳まれなかった結果だと考えられています。
参加はいたって簡単。
http://folding.stanford.edu/download.html から各OS用のクライアントソフトをダウンロードして下さい。
 Windows 98/ME/NT/2000/XP/Vista, Linux(x86/x86_64), Mac OS X(PPC/Intel), PS3 に対応。(FreeBSD/OpenBSDもOK!)
 チーム番号は 162 です。

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